1958年8月，交通部批复：原船舶驾驶系改为航海系，包括船舶驾驶专业，另增设电航仪器专业。轮机系，将原船舶动力装置改为轮机管理专业，另增设船港电气设备专业。

1960年，1月，学校进行专业布局调整，将电航仪器、船港电气设备等专业统一起来，成立船电系。9月，根据尖端专业必须立即上马的精神，经交通部同意，将船港电气设备专业分为船舶电气设备专业、港口电气设备专业。由于学校具有国防性质，多数专业列为机密性专业，为保密和便于对外联系，船舶电工系代号为第五系。

1961年4月，根据中央确定的“调整、巩固、充实、提高”的八字方针和交通部关于调整院校发展规模、专业设置的意见，学校对专业设置和专业布局做了调整，第五系改名为船电系，下设6个专业。

1962年春，根据教育部关于调整专业的原则精神，学校进一步研究了专业设置方案，停办港口电气设备专业。

1963年，1月，交通部同意我校将船舶电气设备专业和船舶电气导航设备专业合并为船舶电气设备专业。4月，交通部对所属大连、上海、武汉三所水运院校的专业设置进一步调整。5月，武汉水运工程学院港口电气设备专业并入学校。

1964年，1月，院务委员会通过对系（部）机构调整的决定。调整后的系（部）、专业设置为：船电系设船舶电气设备专业，港电系设港口电气设备专业。9月，学校决定将船电系和港口系合并成立电工系。10月，根据交通部关于五年内发展远洋船舶百万吨规划精神，结合学校对校外历届毕业生情况的调查，停办港口电气设备专业。

1965年上半年，根据高等教育部关于全国高等学校压缩第一线，加强二、三线的意见，交通部对所属大连、上海、武汉三所水运院校的专业设置作了进一步调整。经过这次调整，学校的发展方向为只设置4个航海类专业，船舶电气设备专业更名为船舶电工专业。

1974年以来，国家主要以购置自动化船舶为主，自建船舶也以自动化船舶、无人机舱为标准。为了适应国家需要，1975年，学校增设船舶自动化专业。

1977年12月，学校进行了专业布局调整。船舶自动化专业调至无线电系，无线电系改名为电子工程系。电子工程系设有船舶无线电导航、船舶无线电通信、船舶自动化、电子计算机和有线通信5个专业，初步构成了学校陆上专业框架。撤销电工系，船舶电工专业划归轮机系。轮机系改为机电系，下设轮机管理和船舶电工专业。机电系和航海系基本构成了海上专业的框架。

1977年底至1978年10月，随着自动控制船舶技术的引进， 学校决定成立自动化系。原机电系的船舶电工专业和原电子工程系的船舶自动化专业调入该系。1978年12月，学校将船舶电工专业重新调回轮机系。自动化系下设船舶自动化专业和电子计算机专业。

1984年9月，学校完成了13个专业的整理和调整，并得到上级有关部门批准，从1985年，学校的招生正式启用新确立的专业目录名称。船舶电工专业改为船舶电气管理专业，船舶自动化专业改为自动控制专业。

1985年至1990年，经过5年的发展，学校由8个本科专业发展为9系16个本科专业，初步形成多学科海洋运输类高等教育的专业体系。其中，船舶电气工程系下设船舶电气管理专业；计算机及自动控制系下设计算机及应用、自动控制、管理信息系统专业。

1992年9月，学校进行首轮综合改革，将9系合并为3个教学分院和1个系，即航海分院、轮机工程分院、交通运输管理分院和社会科学系。其中，轮机工程分院由轮机系、船舶电气工程系和计算机及自动控制系的自动控制专业合并而成，设轮机管理、船舶电气管理、自动控制3个专业。

1993年，国家教委又进行了新一轮专业目录修订工作。由于STCW公约取消了船上电机员和报务员职务，因此，此次修订的高等学校工科通用专业目录，覆盖了船舶电气管理与船舶通信导航2个专业。经调整，原船舶电气管理专业改为电气技术（船舶电气管理）专业。同时，该专业调整为陆上专业，但仍按照海上专业培养。2009年该专业恢复为海上专业。

2000年11月，学校公布《365速度发国际大厅_365怎么查看投注记录_365bet备用开户机构改革方案》，本着“有利于学科的建设和发展、有利于教育资源的合理配置、有利于教学和科研的有机结合”成立计算机科学与技术学院、自动化与电气工程学院。原轮机工程学院电气技术专业改为电气工程及其自动化专业、自动控制专业改为自动化专业，并调入自动化与电气工程学院。

2006年，为了更好地适应国际、国内竞争环境，满足市场对专业人才的需要，拓宽我校的办学渠道，进一步完善学科体系，充分发挥我校的教学资源，为交通运输及港航企业培养一流的测试技术和仪器仪表专门人才，学校增设了测控技术与仪器专业。

2008年1月，《365速度发国际大厅_365怎么查看投注记录_365bet备用开户机构调整方案》经交通部批准并公布。经调整，信息工程学院、计算机科学与技术学院、自动化与电气工程学院合并组建成信息科学技术学院。取消自动化与电气工程学院建制，自动化专业、测控技术与仪器专业调入信息科学技术学院，电气工程及其自动化专业调入轮机工程学院。经过几年的实践和航运企业的反馈，IMO和STCW会议上提出了增加电子船员的提案。为了适应需要，12月，获教育部批准增设船舶电子电气工程专业。该专业所属学科是一个典型的新兴、复合型学科，涉及电气工程、电子信息、通讯工程、控制理论与控制工程、计算机科学与控制等诸多学科的理论知识和方法应用。

2011年，《国家中长期科学与技术发展规划（2006-2020）》和“新一代宽带移动无线通信网”重大专项中均将传感网列入重点研究领域，传感网技术是一个典型的交叉性专业，可应用到交通领域中的智能交通技术、远洋及港口物流领域，航运安全和流通效率等，为了国家交通运输行业人才的需要，学校增设传感网工程专业。2013年改名为物联网工程专业。

2017年，学校进行新一轮机构改革，成立船舶电气工程学院。将信息科学技术学院的物联网工程专业、自动化专业、测控技术与仪器专业和轮机工程学院的电气工程及其自动化专业、船舶电子电气工程专业调入船舶电气工程学院。